20 августа 2007 года Управление береговой охраны преобразовывается в Департамент береговой охраны Пограничной службы ФСБ России.

В настоящее время основу личного состава органов Береговой охраны, как и всех пограничных органов ПС ФСБ России, составляют военнослужащие, проходящие военную службу по контракту, за исключением органов ОМБИР, укомплектованных федеральными государственными служащими и гражданским персоналом. Департамент береговой охраны ПС ФСБ России имеет в своём распоряжении пограничные сторожевые корабли и катера, предназначенные для несения охраны водных рубежей Государственной границы Российской Федерации, патрульные корабли, катера и суда органов охраны морских биологических ресурсов, а также суда обеспечения различных классов и проектов.